به‌منظور دستیابی به خلوص بالایی از پروتئین، چه برای مقاصد تجزیهای و چه درمانی، استفاده از چندین مرحله کروماتوگرافی نیاز است. چندین روش کروماتوگرافی برای نیل به این هدف وجود دارد که از میان آنها می‌توان، روش‌های تبادل یونی در pHهای مختلف، کروماتوگرافی برهمکنش هیدروفوبی، کروماتوگرافی اندازه طردی و کروماتوگرافی میل ترکیبی را نام برد.
جداسازی با استفاده از دستگاه کروماتوگرافی مایع با عملکرد بالا در روش‌های فاز معکوس، تبادل یونی و اندازه طردی انجام می‌شود.
کروماتوگرافی فاز معکوس، پروتئین‌ها را براساس هیدروفوبیسیته نسبی آنها جداسازی میکند، اما به دلیل استفاده از حلال های آلی و احتمال از بین رفتن برخی ترکیبات، این روش بهطور عام برای همه پروتئین‌ها قابل انجام نیست.
در کروماتوگرافی تبادل یونی، جداسازی براساس بار پروتئین‌ها صورت میگیرد ولی در کروماتوگرافی اندازه طردی، براساس اندازه خلل و فرج فاز ساکن، پروتئینهای بزرگتر از پروتئینهای کوچکتر جدا میشوند.
کروماتوگرافی میل ترکیبی، مکمل فرآیندهای تخلیص پروتئین است و در آن مواد پرکننده ستون کروماتوگرافی حاوی لیگاندی است که آن لیگاند، به صورت ویژه به پروتئین هدف، متصل می‌شود.
جداسازی با استفاده از دستگاه کروماتوگرافی مایع با عملکرد بالا در روش‌های فاز معکوس، تبادل یونی و اندازه طردی انجام می‌شود.
کروماتوگرافی فاز معکوس، پروتئین‌ها را براساس هیدروفوبیسیته نسبی آنها جداسازی میکند، اما به دلیل استفاده از حلال های آلی و احتمال از بین رفتن برخی ترکیبات، این روش بهطور عام برای همه پروتئین‌ها قابل انجام نیست.
در کروماتوگرافی تبادل یونی، جداسازی براساس بار پروتئین‌ها صورت میگیرد ولی در کروماتوگرافی اندازه طردی، براساس اندازه خلل و فرج فاز ساکن، پروتئینهای بزرگتر از پروتئینهای کوچکتر جدا میشوند.
کروماتوگرافی میل ترکیبی، مکمل فرآیندهای تخلیص پروتئین است و در آن مواد پرکننده ستون کروماتوگرافی حاوی لیگاندی است که آن لیگاند، به صورت ویژه به پروتئین هدف، متصل می‌شود.