آزمایشگاه مرکزی پژوهشگاه ملی مهندسی ژنتیک و زیست فناوری
فعالیت هاو تجهیرات آزمایشگاه بیوانفورماتیک
آزمایشگاه بیوانفورماتیک و مدلسازی مولکولی با هدف استفاده از داده پایگاههای مرتبط با علوم زیستی و جمع آوری، شناسایی و نصب نرم افزارهای مناسب بیوانفورماتیک و مدلسازی مولکولی در پژوهشگاه ملی مهندسی ژنتیک و زیست فناوری در تاریخ سه شنبه مورخ 21/12/86 رسماً راه اندازی و شروع به کار کرده است.
این آزمایشگاه اولین آزمایشگاه بیوانفورماتیک در ایران می باشد که باتوان بیش ازCPU 60 مشتمل بر 17 کامپیوتر پرسرعت، 3 سرور با قابلیت پردازش موازی و نیز نرم افزارهای تخصصی در زمینه مشاهده و مدلسازی مولکولی، محاسبات دینامیک مولکولی و شبیه سازی مولکولهای شیمیایی، فضای مناسبی را به منظور استفاده دانشجویان و دانش پژوهان و سرویس دهی تخصصی به اعضای هیئت علمی دانشگاهها و موسسات تحقیقاتی فراهم آورده است.
بیوانفورماتیک به عنوان نقطه تلاقی علوم رایانهای، ریاضیات و علوم زیستی محسوب می گردد. همزمان با پیشرفتهای صورت گرفته در زمینه فناوریهای اطلاعات و ارتباطات به ویژه اینترنت، دانش بیوانفورماتیک راهکارهای موثری جهت جمعآوری، ذخیرهسازی و نگهداری اطلاعات پیشروی دانشمندان و محققان قرار داده است.
دسترسی سریع و آسان به اطلاعات و یافته های موجود، ارائه ابزارهای مناسب یه منظور تجزیه و تحلیل داده ها و همچنین مدلسازی و شبیهسازی ساختارهای پیچیده مولکولی و سیستمهای زیستی از جمله کاربرد های بیوانفورماتیک محسوب می شوند.
سازمان مرتبط :
وزارت علوم، تحقیقات و فناوری پژوهشگاه ملی مهندسی ژنتیک و زیست فناوری
زمینه های تخصصی : بیوانفورماتیک، زیست فناوری گیاهی، زیست فناوری دام و آبزیان، زیست فناوری پزشکی، زیست فناوری صنعت و محیط زیست، ژنتیک مولکولی، علوم پایه زیست، ژنومیکس، سمیت سلولی نشانی آزمایشگاه : تهران، کیلومتر 17 آزادراه کرج، بلوار پژوهش، صندوق پستی : 6343- 14155
نشانی دفتر : تهران، کیلومتر 17 آزادراه کرج، بلوار پژوهش، صندوق پستی : 6343- 14155
اعتبارنامه ها و گواهینامه ها :
تجهیزات آزمایشگاه
خدمات آزمایشگاه
الکتروفورز دوبعدی
الکتروفورز
الکتروفورز
حمام فراصوت
خشک کن انجمادی
دستگاه اسپکترو فلوریمتر
دستگاه استخراج سوکسله
دستگاه الکتروپوراتور
دستگاه اندازهگیری میزان کلروفیل (CCM)
دستگاه تبخیر کننده در خلاء
دستگاه تفنگ ژنی
دستگاه سامانه ریز تزریقی
دستگاه سامانه محاسباتی زیست شناسی
دستگاه سنتز کننده پپتید
دستگاه کشنده میکرو سوزن
دستگاه واکنش زنجیره ای پلیمراز هم زمان (RT-PCR)
دستگاه واکنش زنجیره ای پلیمراز هم زمان (RT-PCR)
سانتریفیوژ تغلیظ کننده تحت خلأ
طیف سنج مادون قرمز تبدیل فوریه (FTIR )
طیف سنج مرئی-فرابنفش (UV-Vis)
فرمانتور
کروماتوگراف گازی (GC)
کروماتوگراف مایع با کارایی بالا (HPLC )
کروماتوگراف مایع با کارایی بالا- تحلیلی (Anal-HPLC)
کروماتوگراف مایع با کارایی بالا- خالص ساز (Prep-HPLC)
میکروسکوپ فلورسانس معکوس
الکتروفورز دوبعدی
الکتروفورز
الکتروفورز
حمام فراصوت
خشک کن انجمادی
دستگاه اسپکترو فلوریمتر
دستگاه استخراج سوکسله
دستگاه الکتروپوراتور
دستگاه اندازهگیری میزان کلروفیل
دستگاه تبخیر کننده در خلاء
دستگاه تفنگ ژنی
دستگاه سامانه ریز تزریقی
دستگاه سامانه محاسباتی زیست شناسی
دستگاه سنتز کننده پپتید
دستگاه کشنده میکرو سوزن
دستگاه واکنش زنجیره ای پلیمراز هم زمان
دستگاه واکنش زنجیره ای پلیمراز هم زمان
سانتریفیوژ تغلیظ کننده تحت خلأ
طیف سنج مادون قرمز تبدیل فوریه
طیف سنج مرئی-فرابنفش
فرمانتور
کروماتوگراف گازی
کروماتوگراف مایع با کارایی بالا
کروماتوگراف مایع با کارایی بالا- تحلیلی
کروماتوگراف مایع با کارایی بالا- خالص ساز
میکروسکوپ فلورسانس معکوس
آنالیز تعیین کلیه اطلاعات فتوسنتزی و کلروفیل برگ گیاه با کلروفیل متر
آنالیز و اندازه گیری با الکتروفورز دو بعدی 2D-PAGE
خدمات تغلیظ با سانتریفیوژ تغلیظ کننده تحت خلأ
آماده سازی و استخراج RNA از نمونه های زیستی (سلول، سرم، خون، بزاق، بافت، گیاهان ....)
اندازه گیری و جداسازی پروتئین ها براساس pH ایزوالکتریک پروتئین ها (ایزوالکتریک فوکوسینگ یا IEF) و وزن مولکولی (SDS-PAGE ) با استفاده الکتروفورز دو بعدی
اندازه گیری و جداسازی پروتئین ها براساس وزن مولکولی با استفاده الکتروفورز تک بعدی (SDS-PAGE)
خدمات ترانسفکشن با استفاده از الکتروپوریتور (دستگاه انتقال ژن)
استخراج، آماده سازی و آنالیز روغن در دانه فندق
استخراج، آماده سازی و آنالیز روغن زیتون
آنالیز تراریختگی به روش PCR
آنالیز داده های خام Real-time با استفاده از سامانه محاسباتی زیست شناسی
خدمات آنالیز داده ریزآرایه (Microarray) با استفاده از سامانه محاسباتی زیست شناسی
خدمات آنالیز و مشاوره زیست شناسی سامانه ای (Systems biology) با استفاده از سامانه محاسباتی زیست شناسی
خدمات آنالیز همولوژی مدلینگ همراه با اعتبار سنجی به وسیله سامانه محاسباتی زیست شناسی
خدمات مدلسازی ساختار به روش Threading با استفاده از سامانه محاسباتی زیست شناسی
خدمات آنالیز داکینگ پروتئین ها و پپتید (Docking) با استفاده از سامانه محاسباتی زیست شناسی
خدمات آنالیز غربالگری مجازی با استفاده از سامانه محاسباتی زیست شناسی
خدمات آنالیز انتخاب هدفمند جهش پروتئینی برای اهداف مختلف با استفاده از سامانه محاسباتی زیست شناسی
خدمات آنالیز دینامیک مولکولی (Molecular dynamics ) با استفاده از سامانه محاسباتی زیست شناسی
خدمات آنالیز آماری نرمال سازی داده ها همراه با تبدیل داده با استفاده از سامانه محاسباتی زیست شناسی
خدمات آنالیز آماری مقایسه میانگین با استفاده از t-test با استفاده از سامانه محاسباتی زیست شناسی
آنالیز آماری واریانس با استفاده از سامانه محاسباتی زیست شناسی
آنالیز آماری کای اسکوار (خی دو) با استفاده از سامانه محاسباتی زیست شناسی
آنالیز آماری همبستگی (پیرسون-اسپیرمن-کندال و ...) با استفاده از سامانه محاسباتی زیست شناسی
خدمات آنالیز ناپارامتری ( فریدمن-من ویتنی و ....) با استفاده از سامانه محاسباتی زیست شناسی
نگهداری از گیاهان بعد از انتقال از شرایط In vitro
نگهداری از گیاهان در شرایط کنترل شده
آزمون کنترل کیفی پاستوریزاسیون در صنایع غذایی
آنالیز فلورسانسی و تعقیب واکنش های نورزایی (chemiluminescence)
آنالیز ترکیبات بیوفنلی در روغن زیتون
آنالیز جداسازی، اندازه گیری و تعیین نوع متابولیت ثانویه با روش کروماتوگرافی غربالی مولکولی با کروماتوگرافی مایع با کارایی بالا GPC/HPLC
خدمات سنتز پپتیدها
آنالیز و شناسایی پروتئین ها به روش رنگ آمیزی ژل آبی کوماسی
آنالیز و شناسایی پروتئین ها به روش رنگ آمیزی ژل کوماسی کلوئيدی
آنالیز و شناسایی پروتئین ها به روش رنگ آمیزی ژل ايميدازول - روی
آنالیز و شناسایی پروتئین ها به روش رنگ آمیزی ژل نيترات نقره
آنالیز و شناسایی پروتئین ها از طریق انتقال پروتئین های تفکیک شده بر روی ژل به غشاء به روش وسترن بلاتینگ
آنالیز بررسی بیان ژن ها بصورت همزمان و تغییرات آنها به روش ریزآرایه DNA
آنالیز بررسی تاثیر بیان هر ژن منفرد بر بیان ژن هاى دیگر به روش ریزآرایه DNA
آنالیز شناسایی یک RNA خاص در بین ترانسکریپتوم سلول به روش ریزآرایه DNA
آنالیز شناسایى واکنش های پروتئینى بصورت همزمان به روش ریزآرایه پروتئین
آنالیز توالی یابی ژنتیکی تک مولکول به روش اگزونوکلئاز
آنالیز توالی یابی کامل ژنوم (Whole Genome Sequencing) به روش de novo
آنالیز توالی یابی کامل ژنوم (Whole Genome Sequencing) به روش Re-Sequencing
آنالیز تعیین ژنوتایپ با استفاده از توالی یابی قطعات ژنوم به منظور مطالعات جمعیت جانوری و گیاهی (Genotyping-By-Sequencing)
آنالیز توالی یابی کامل اگزوم (Whole Exome Sequencing)
آنالیز توالی یابی ژن های هدف (Targeted Sequencing)
آنالیز توالی یابی ترانسکریپتوم (RNA-Seq) برای تعیین میزان و پروفایل بیان ژن
آنالیز توالی یابی RNA های کوچک (Small RNA-Seq) برای تعیین میزان و پروفایل بیان ژن
آنالیز توالی یابی به منظور شناسایی مناطق هیستونی با روش اپی ژنومیکس (Epigenomics)
آنالیز متیلاسیون با روش اپی ژنومیکس (Epigenomics)
آنالیز برهمکنش پروتئین و DNA ژنوم با روش اپی ژنومیکس (Epigenomics)
آماده سازی و استخراج DNA از نمونه های زیستی (خون، بزاق، بافت، گیاهان ...)
استخراج RNA و سنتز cDNA بررسی کیفی و کمی و اندازه گیری مقدار بیان نسبی انواع ژن ها
آنالیز PCR بدون استخراج DNA و مواد
خدمات Q PCR / PCR به همراه سنتز cDNA و مواد
آزمون واکنش زنجیرهای پلیمراز PCR
آنالیز تعیین تعداد کپی از هر ژن با روش Real-time PCR
آنالیز سنجش میزان بیان ژن با روش Real-time PCR
خدمات تکثیر واکنش های زنجیره ای پلیمراز ژن و DNA با ترموسایکلر یا PCR
آنالیز شناسایی مولکولی ارگانیسم ها (واکنش PCR و الکتروفورز)
آزمون اندازه گیری غلظت پروتئین به روش الایزا
آنالیز تعیین میزان آسیب به DNA با روش Real-time PCR
آنالیز بررسی فرآیندهای زیستی در سلولهای زنده با روش Real-time PCR
آنالیز DNAی میتوکندریائی با روش Real-time PCR
آنالیز شناسائی متیلاسیون با روش Real-time PCR
آنالیز تشخیص غیرفعال شدن ژن ها در کروموزوم با روش Real-time PCR
آنالیز تعیین همسانی در لوکوس های HLA با روش Real-time PCR
آنالیز پیوند سلول های بنیادی خونساز با روش Real-time PCR
آنالیز تعیین مقدار ژن و زیگوسیتی با روش Real-time PCR
آنالیز تشخیص انواع جهش های ژنتیکی شامل الحاق، حذف و موتاسیون نقطه ای با روش Real-time PCR
آنالیز ژنوتایپینگ با روش Real-time PCR
آنالیز بررسی انواع تریزومی با روش Real-time PCR
آنالیز بررسی هاپلوتایپینگ با روش Real-time PCR
آنالیز کمی نشانگرهای میکروساتلیت ها (ریزماهواره) با روش Real-time PCR
آنالیز تعیین ساختار ژنتیکی (ژنوتایپینگ) و بررسی بیان ژن با روش RAPD-PCR
آنالیز تعیین ساختار ژنتیکی (ژنوتایپینگ) و بررسی بیان ژن با روش RFLP-PCR
آنالیز شناسایی توالی های چند شکلی (پلی مورفیسم ها) با روش RFLP-PCR
آنالیز تعیین ساختار ژنتیکی (ژنوتایپینگ) و بررسی بیان ژن با روش Multiplex-PCR
آنالیز تعیین ساختار ژنتیکی (ژنوتایپینگ) و بررسی بیان ژن با روش d-PCR یا dd-PCR
آنالیز شناسایی موتاسیون با روش کروماتوگرافی تجزیه کننده فاز مایع با کارایی بالا DHPLC
آنالیز و مطالعه تنوع پروتئین ها با روش ایزوالکتروفوکوسینگ IEF
خدمات فیلتراسیون محیط کشت میکروارگانیسم ها
آنالیز بیان پروتئین با روش PCR
خدمات تخریب سلول ها و استخراج محتویات سلول با استفاده از هموژنایزر میکروبی
آنالیز الکتروفورز ژل آگارز
آنالیز شناسایی جهش ژنتیکی با روش کروماتوگرافی تجزیه کننده فاز مایع با کارایی بالا DHPLC
آنالیز تعیین بارکدینگ DNA
آنالیز توالی یابی DNA و پروتئین بر پایه ترانسکریپتومیکس
آنالیز تعیین میزان استیل کولین استراز در سلول با روش اسپکتوفتومتری
خدمات استخراج RNA و میکرو RNA و ساخت cDNA از تخمک و جنین
آنالیز تعیین غلظت پروتئین به روش بردفورد (برادفورد) Bradford
آنالیز تعیین غلظت پروتئین به روش SE-HPLC
آنالیز تعیین ساختار (نقشه برداری) پپتیدها (peptide mapping) با استفاده از آنزیم تریپسین با دستگاه HPLC
آنالیز تعیین ساختار (نقشه برداری) پپتیدها (peptide mapping) با دستگاه HPLC
آنالیز تعیین فرم اگریگه با SE- HPLC
آنالیز شناسایی دقیق محصولات مختلف تراریخت و ارگانیسم های تغییر ژنتیکی یافته و محصولات حاصل از آنها با استفاده از پرایمرهای اختصاصی در PCR و الکتروفورز
خدمات تفکیک و جداسازی ترکیبات و محلول های زیستی (ژنتیکی، پروتینی، ...)
آزمون تعیین غلظت مواد بیولوژیک موجود در محلول ها
آنالیز کمی و کیفی فلورسانس ترکیبات مولکولی
آنالیز انواع و میزان آنزیم ها
آزمون تعیین میزان pH و تنظیم اسیدیته و قلیائیت محلول ها
اندازهگيري α, β, γ- tocopherol با روش HPLC
آنالیز اسید آمینه ها شامل استخراج، خالص سازی و تفکیک با روش HPLC
آنالیز تعیین کربوهیدرات ها در زیست توده به روش روش کروماتوگرافی گازی GC
آنالیز تعیین کربوهیدرات ها در زیست توده به روش کروماتوگرافی مایع با کارایی بالا HPLC
آنالیز شناسایی و اندازه گیری باقیمانده سموم کشاورزی و باقیمانده سموم و آفت کش ها (آفلاتوکسین ها، مایکوتوکسین ها، آرسنیک ....) در نمونه های زیستی و بافت جانداران به روش کروماتوگرافی گازی
آنالیز طیفسنجی فلورسانس مولکولی
آنالیز کمی و کیفی اسید های چرب با روش کروماتوگرافی گازی طیف سنجی جرمی GC-MS
آنالیز ميزان باقيمانده سموم كشاورزي در نمونه هاي پسماند و بافت جانداران به روش کروماتوگرافی گازی
آنالیز شناسایی و تعیین مقدار داروها دارای خاصیت فلورسانس در مایعات بیولوﮊیک با روش طیفسنجی نوری فلورسانس
آنالیز با دستگاه RP HPLC
آنالیز تعیین محتوای اسید آمینه پپتیدها و پروتئین ها
آزمون سنجش کیفی آنزیمهای گیاه
آزمون کیفی تعیین سمیت سلولی (سمیت کیفی) با روش کشت سلولی (MTT)
آنالیز سنجش ایمنی زیستی و پایداری ژن با روش Real-time PCR
آنالیز شناسایی عوامل پاتوژن با روش Real-time PCR
آنالیز رسوب کروماتین با استفاده از اتصال آنتی ژن- آنتی بادی با روش Real-time PCR
آنالیز بررسی سمیت سلولی با روش (MTT)
آنالیز بررسی سمیت سلولی به روش (XTT)
آنالیز شناسایی کیفی و کمی فتالات ها
آماده سازی و استخراج DNA از نمونه های بافت گیاهی
آماده سازی و استخراج RNA از نمونه های بافت گیاهی
آنالیز و مطالعه تنوع پروتئین های گیاهی با روش ایزوالکتروفوکوسینگ IEF
آزمون اندازهگیری میزان کلروفیل
آنالیز تراریختگی به روش Real-time PCR
آنالیز شناسایی و سنجش ترکیبات شاخص در گیاهان با روش کروماتوگرافی لایه نازک با کارایی بالا HPTLC
آنالیز تعیین خواص آنتی باکتریایی در محلول ها (گیاهان و محصولات کشاورزی، اسانس ها...)
آنالیز، شناسایی و اندازهگیری ترکیبات اسانس ها، اسانسهای روغنی و عصاره های گیاهی
آنالیز شناسایی و اندازه گیری تاکسول (TAXOL) با HPLC
آزمون شناسایی و اندازه گیری اسیدهای چرب در روغن ها و چربی های گیاهی و حیوانی
آنالیز شناسایی و اندازه گیری استرول ها در روغن ها و چربی های گیاهی و حیوانی با GC-MS
آنالیز شناسایی ارگانیسم های تغییر ژنتیکی یافته و محصولات حاصل از آنها با روش PCR
آنالیز شناسای دقیق محصولات مختلف تراریخت با استفاده از پرایمرهای اختصاصی در PCR و الکتروفورز
استخراج، آماده سازی و آنالیز روغن در دانه های روغنی آفتابگردان
آنالیز شناسایی و تعیین ترکیبات بیوفنلی در روغن زیتون با HPLC
آنالیز کمی و کیفی مواد به روش کروماتوگرافی گازی GC
آنالیز شناسایی مواد با روش کروماتوگرافی مایع با کارایی بالا HPLC
آنالیز کیفی خواص جذبی و عبوری در یک طول موج مشخص در یک بازه زمانی با روش FTIR
آناليز تعيين ميزان تركيبات فوران در روغن ترانس
خدمات التراسونیک و هموژنایزر
خدمات التراسونیک حمام مافوق صوت (حمام فراصوت)
خدمات فریز درایر
خدمات خشک کن انجمادی (سرمایشی)
خدمات کشت میکروب
خدمات آون معمولی
خدمات اتاقک رشد
خدمات ایجاد شرایط دمایی، رطوبتی و نوری مناسب برای کشت بافت با ژرمیناتور
خدمات انکوباتور شیکردار
خدمات انکوباتور یخچالدار
خدمات سردخانه
خدمات عصاره گیری نمونه های گیاهی
خدمات سانتریفیوژ
خدمات سانتریفیوژ یخچالدار با دور بالا
خدمات تهیه ژل الکتروفورز
خدمات جداسازی و رسوب گذاری میکرو تیوپ با دستگاه سانتریفیوژ
خدمات گرمخانه گذاری در دماهای مختلف
خدمات نگهداری نمونه در یخچال و فریزر
آنالیز و ارائه نتایج بهترین کانفورمر داکینگ پروتئین- لیگاند
آنالیز پیشرفته کمی جوامع میکروبی با داده های انبوه حاصل از توالی یابی NGS
خدمات آسیاب جارمیل (Jar mill)
خدمات هود شیمیایی
خدمات هود لامینار
آنالیز شناسایی مواد و عناصر و تهیه طیف نوری با طیفسنج نوری
آنالیز تعیین خواص ضد باکتریی (آنتیباکتریال)
خدمات آنالیز آماری ناپارامتری (فریدمن- من ویتنی و ....) با استفاده از سامانه محاسباتی زیست شناسی
تعیین ضریب خاموشی روغن زیتون
جداسازی، اندازه گیری، تعیین نوع ترکیبات در عصاره ها و محلول های پروتئینی با روش کروماتوگرافی مایع با کارایی بالا HPLC
آزمون تعیین ترکیب و محتوای استرول ها در دانه های روغنی با کروماتوگرافی گازی GC
آنالیز اسیدهای چرب اشباع نشده با کروماتوگرافی گازی GC
آزمون حساسیت حاد چشمی
آزمون حساسیت حاد پوستی