کارایی این روش به ویژگی پرتوهای نوری منتشر شده از رنگ های فلورسانس یا آنتی بادی های مونوکلونال کنژوگه متصل به مولکول هدف درسطح یا درون سلول بستگی دارد. اجزای دستگاه فلوسایتومتر شامل سیستم جریان سیال، سیستم اپتیکی (لیزر وفیلترها)، پردازشگر سیگنال، نرم افزار و سیستم تقسیم بندی الکتروستاتیکی سلول، در مجموع ابزاری قدرتمند درتحلیل دقیق جمعیت های سلولی پیچیده در مدت زمان کوتاه ایجاد کرده است. با توجه به اینکه این روش در زمینه های مختلفی از جمله تشخیص پزشکی، ایمنی شناسی، آسیب شناسی، بیولوژی مولکولی،علوم گیاهی، میکروبیولوژی و غیره کاربرد وسیعی دارد.
در طـی سـال های دهـه 60 میلادی، تلاش جمعـی از دانشـمندان فعـال در عرصـه سلول شناسـی، منجر به ابداع روشـی بـا عنـوان فلوسـایتومتری شـد کـه امـکان شناسـایی ذرات از جملـه سـلولها و ارزیابـی ویژگی هـای آنهـا را فراهـم آورد.
سـرعت و دقـت بـالای ایـن روش موجب شـد تـا خیلـی زود جایگاه ویـژهای در حوزه های مختلف علوم پزشـکی و زیسـتی بـه خـود اختصـاص دهـد . حاصـل تلاش هـای اولیـه در ایـن زمینـه، ایجـاد دسـتگاه تـک عاملـی بـود که فقـط اندازه سـلول ها را شناسـایی میکـرد. امـا امـروزه دسـتگاه های فلوسـایتومتری قدرتمنـدی پـا بـه عرصـه گذاشـته اند کـه قـادر بـه تشـخیص همزمـان تـا 14 عامـل مختلـف از صدهـا هـزار ذره منفـرد در ثانیـه هسـتند .
آنالیـز این حجم وسـیع ازداده هـای حاصـل از هـر آزمون، کار بسـیار حسـاس و تخصصی اسـت و بـا گرافها و نمودارهای به دسـت آمـده و به کمک نرم افزارهـای اختصاصـی تجزیه و تحلیل می شـوند. این روش، کاربرد زیادی در حوزه تشـخیص پزشـکی به ویژه تشـخیص و طبقه بنـدی سـلول های خونـی طبیعـی از غیرطبیعـی و لذا تشـخیص انواع بدخیمی های خونی، بررسـی پاسـخ به درمان در بدخیمی هـا و ایـدز و همچنیـن سـنجش عوامل اختصاصی در تشـخیص و پیش آگهی بیمـاری دارد. همچنین در حوزه تحقیقاتـی در بررسـی میـزان مـرگ سـلولی و آپاپتـوز/ نکروز، میـزان ماده ژنتیکـی/ DNA، بررسـی زنده مانی سـلولهای کشـت و باکتـری، بررسـی رونـد سـیکل سـلولی، تعییـن کاریوتایپ و غیـره نیز مورد اسـتفاده قـرار می گیـرد .