یکی از ویژگی های شگفت انگیز DNA، ماندگاری آن است. بیشتر مولکول های زیستی پس از مرگ به سرعت تخریب می شوند. با این حال در شرایط خاص، DNA میتواند تا مدت ها باقی بماند.به منظور دستیابی به DNA باستانی روش های مولکولی بسیاری وجود دارد که بسته به نوع و جنس نمونه های مورد مطالعه، هر کدام از آنها را مورد استفاده قرار میدهند. روشهای مبتنی بر واکنشهای زنجیرهای پلیمرازبه 3 بخش تقسیم میشوند که بر پایه نشانگرهای مبتنی بر آشکارسازی از پرایمر بوده که در این مقاله به طور مفصل به آن اشاره شده است.
از تجزیه و تحلیل DNA برای تعیین جنسیت نیز میتوان استفاده کرد. اختالفات ژنتیکی میان جنسیت ها، ناشی از کروموزوم Y در مردهاست؛ بنابراین، با شناسایی قسمتی از DNA کروموزوم Y می توان دفینه مرد و زن را از هم تمییز داده و تعیین جنسیت اسکلت های به دست آمده از محوطه های باستانی را انجام داد.
نشانگرهای DNA میتوکندری انسان مربوط به ناحیه غیر کدکننده ژنوم انسان است. یک فرد باید با مادر و خویشاوندان مادریاش یکسان باشد. ویژگی mtDNA که در طول نسل های متمادی کم و بیش دست نخورده به ارث رسیده و نوترکیبی ژنتیکی سبب تنوع جدید در آن نم یشود، در ردیابی خانواده ها و نسل های خویشاوند مفید است. بنابراین، این بخش ژنتیکی در مطالعات ژئوآرکئولوژی بسیار اهمیت دارد.