یکی از اقدامات نوآورانه شبکه آزمایشگاهی فناوری‌های راهبردی، تشکیل کارگروه‌های تخصصی است. کارگروه‌های تخصصی، کانون‌هایی برای گردهم‌آیی کارشناسان و متخصصانِ یکی از حوزه‌های آزمایشگاهی و یا یک خانواده از تجهیزات آزمایشگاهی هستند که از این طریق، تجربیات و دانش خود را در قالب نشست‌های تخصصی، دوره‌های آموزشی، انتشار مقاله و یا کتب تخصصی، با دیگران به اشتراک می‌گذارند.
در سال 1398، تعداد اعضای کارگروه‌های تخصصی با رشد 37 درصد نسبت به سال 1397، به بیش از 960 نفر رسید.
در سال 1398 همچنین، جلسه هم‌اندیشی کارشناسان حوزه علوم شناختی تشکیل و پیرو این جلسه، گروه فنی کارشناسان این حوزه به گروه‌های تخصصی شبکه اضافه شد. همچنین، برنامه‌ریزی نشست هم‌اندیشی تشکیل کارگروه‌های «آنالیز حرارتی»، «زیست فناوری» و «تعیین ماهیت» انجام شد که به دلیل لغو سراسری جلسات زمستان 98، این جلسات لغو شد.
فعالیت‌های مهم کارگروه های تخصصی شبکه در سال 98 عبارت است از:
- برگزاری 8 دوره آموزشی عمومی و تخصصی (تئوری و عملی) در سطوح مختلف؛
- برگزاری 1 نشست هم‌اندیشی با حضور مدیران آزمایشگاه‌های حوزه علوم شناختی؛
- برگزاری مقایسات بین آزمایشگاهی برای کارگروه‌های TEM و SPM؛
- پیشنهاد 20 استاندارد ترجمه و تدوین شده به سازمان استاندارد برای ملی شدن؛
- انتشار 13 مقاله تخصصی دستگاهی و 2 مقاله تخصصی حوزه استاندارد، ایمنی و کالیبراسیون.
در حال حاضر 9 کارگروه های تخصصی و یک کارگروه فنی در شبکه آزمایشگاهی فناوری‌های راهبردی فعالیت دارند. کارگروه تخصصی آنالیز حرارتی، آنالیز سطح، آنالیز عنصری، استاندارد و کالیبراسیون، دستگاه TEM، SEM، SPM، کروماتوگرافی و دستگاه‌های اشعه ایکس به همراه کارگروه فنی آنالیز اندازه ذرات در شبکه آزمایشگاهی فناوری‌های راهبردی فعالیت دارند.