در جهت ارائه برنامه‌های حمایتی از شرکت‌های دانش‌بنیان، شعبه تخصصی دادگاه و همچنین شورای حل اختلاف شرکت‌های دانش‌بنیان ایجاد شده تا این شرکت‌ها بتوانند مشکلات خود را در این حوزه رفع کنند.
شعبه تخصصی دادگاه شرکت‌های دانش‌بنیان که با حمایت معاونت توسعه شرکت‌های دانش‌بنیان ایجاد شده است، این امکان را فراهم کرده تا شرکت‌های دانش بنیان جهت رفع مشکلات حقوقی و قضایی خود بتوانند به دادگاه تخصصی شرکت‌های دانش‌بنیان (شعبه 140) مراجعه کنند.
همچنین با ایجاد شورای حل اختلاف شرکت‌های دانش‌بنیان، این شرکت‌ها جهت امور حقوقی و قضایی خود نیز می‌توانند به شورای حل اختلاف شرکت‌های دانش‌بنیان (شعبه 514) مراجعه کنند.
بر اساس این گزارش، لازم است شرکت‌ها در هنگام تنظیم شکواییه بعد از قید نام شرکت در ستون خواهان یا خوانده، دانش‌بنیان بودن شرکت را قید کنند.
معاونت علمی، فناوری و اقتصاد دانش‌بنیان ریاست جمهوری مسوولیت حمایت از شرکت‌های دانش‌بنیان را عهده‌دار است و دراین راستا سعی دارد تا با ارائه برنامه‌های حمایتی مختلف درجهت توسعه زیست بوم فناوری و دستیابی محصولات و تولیدات این شرکت‌ها به بازارهای جهانی وتجاری‌سازی این محصولات گام بردارد.
براساس آمار ارائه شده بیش از 110 عنوان حمایت از سوی معاونت علمی برای شرکت‌های دانش‌بنیان تعریف شده تا این شرکت‌ها با افزایش توانمندی‌های فناوری و نوآوری در کشور و ارتقای «نظام ملی نوآوری» و تکمیل مؤلفه‌ها و حلقه‌های آن در جهت رفاه مردم و توسعه اقتصاد دانش‌بنیان در کشور گام بردارند.