سایت آموزش فناوری نانو بسته آموزشی غیرحضوری «شبیه‌سازی دینامیک مولکولی با نرم‌افزار NAMD و VMD» را از تاریخ 28 مردادماه در اختیار کاربران قرار می‌دهد.

این بسته آموزشی شامل دو دوره مقدماتی و پیشرفته است که مجموعاً شامل 7.5 ساعت ویدیوی آموزشی است. همچنین فایل‌های نرم‌افزاری و مثال‌ها در اختیار شرکت‌کنندگان دوره قرار می‌گیرد و امکان ثبت‌نام به صورت مجزا در هر دوره وجود دارد، آزمون پایان دوره، 16 الی 23 شهریورماه برگزار خواهد شد و شرکت‌کنندگانی که موفق به کسب نمره بالای 50 درصد شوند، گواهی پایان دوره را دریافت می‌کنند.

 

شبیه‌سازی دینامیک مولکولی در مقیاس نانو (NAMD) یک نرم‌افزار کامپیوتری برای شبیه‌سازی دینامیک مولکولی است که با استفاده از مدل برنامه‌نویسی موازی ++Charm نوشته شده است؛ با توجه به بازده موازی و کارایی بالای این نرم‌افزار، اغلب از آن برای شبیه‌سازی سیستم‌های بزرگ (شامل میلیون‌ها اتم) و سیستم‌های بیومولکولی استفاده می‌شود. این نرم‌افزار در سال 1995 توسط نلسون و همکارانش به عنوان برنامه دینامیک مولکولی موازی ارائه شد که در کنار برنامه گرافیکی VMD قادر به شبیه‌سازی بود.

 

VMD برای مدلسازی، تجسم و تجزیه و تحلیل سیستم‌های زیستی نظیر پروتئین‌ها، نوکلئیک اسیدها و لایه‌های لیپیدی طراحی شده است؛ از آنجایی که این نرم‌افزار می‌تواند فایل‌های بانک داده پروتئین استاندارد (PDB) را بخواند و ساختار دربرگیرنده آن‌ها را نمایش دهد، می‌توان از آن برای مولکول‌های متداول‌تر نیز استفاده کرد. VMD از روش‌های مختلفی برای نمایش و رنگ‌آمیزی مولکول‌ها استفاده می‌کند و می‌تواند برای متحرک‌سازی و آنالیز شبیه‌سازی دینامیک مولکولی نیز استفاده شود. به صورت خاص این نرم‌افزار به عنوان نمای گرافیکی یک برنامه شبیه‌سازی دینامیک مولکولی استفاده می‌شود و قادر است تحرک مولکول را تحت شرایط شبیه‌سازی به صورت متحرک به نمایش درآورد.

علاقه‌مندان برای کسب اطلاعات بیشتر به سایت edu.nano.ir مراجعه نمایند.

 

کلمات کلیدی : سایت آموزش فناوری نانو,برگزاری دوره آموزشی,شبکه آزمایشگاهی فناوری‌های راهبردی

ارسال نظر

پاسخ به نظــر بازگشت به حالت عادی ثبت نظر

Captcha